情况：当税务机关与公司就纳税主体资格产生分歧时，会引发此类诉讼。比如，对于一些新业态企业，其组织形式和业务模式较为新颖，税务机关可能认为其不符合某种税收优惠对应的纳税主体条件，而公司则认为自己符合，双方由此产生争议。
案例：某共享经济平台企业，税务机关认为其应按照传统服务业纳税，而企业主张自身属于高新技术企业，应享受相关税收优惠政策，双方对纳税主体认定不一致，进而引发诉讼。

税款计算：公司可能对税务机关核定的应纳税额、计税依据、适用税率等存在异议。例如，税务机关在核定企业所得税时，对公司成本费用的扣除项目认定与公司的会计处理不一致，导致应纳税所得额计算不同，公司认为税务机关的计算有误。
纳税期限：公司可能对税务机关规定的纳税期限提出异议。比如，公司因特殊原因无法在规定期限内缴纳税款，申请延期缴纳但未获税务机关批准，公司认为税务机关的决定不合理，从而引发诉讼。

处罚依据：公司可能对税务机关作出的行政处罚所依据的事实、证据和法律规定存在质疑。例如，税务机关以公司存在偷税行为为由进行处罚，但公司认为自身不存在主观故意，不构成偷税，对处罚依据不服。
处罚幅度：公司可能认为税务机关作出的处罚幅度过重。比如，对于同一性质的税务违法行为，不同地区的税务机关处罚标准存在差异，公司认为本地税务机关的处罚超出了合理范围。

税务代理合同：公司与税务代理机构签订税务代理合同后，在履行过程中可能因代理服务质量、代理费用支付等问题产生争议。例如，税务代理机构未按照合同约定完成代理事项，公司拒绝支付全部代理费用，双方协商不成，可申请仲裁。
税务筹划合同：一些公司会与专业机构签订税务筹划合同，以降低税负。但如果税务筹划方案被税务机关认定为违法，导致公司面临税务处罚，公司可能与税务筹划机构就责任承担问题产生争议，进而申请仲裁。

避免双重征税协定争议：跨国公司在不同国家开展业务时，可能面临双重征税问题。当公司与外国税务机关就避免双重征税协定的适用产生争议，且通过双边协商无法解决时，可根据协定中的仲裁条款申请仲裁。
转让定价争议：跨国公司内部交易中的转让定价问题容易引发国际税收争议。如果公司所在国税务机关认为公司的转让定价不合理，进行了纳税调整，而公司对此有异议，双方可按照相关税收协定或国内法的规定申请仲裁